La estructura organizativa de Sedigas sigue un esquema funcional de carácter jerárquico en torno al siguiente esquema:
Es el órgano supremo de la voluntad de la Asociación. En él participan todos los socios y sus decisiones son adoptadas por mayoría. Es el órgano responsable de elegir al Presidente de la Asociación y a los miembros del Consejo Directivo.
Está constituido por los miembros elegidos en la Asamblea General, siendo el máximo órgano de representación. Dada la importancia de las diversas ramas de actividad, se organiza en torno a una representación equilibrada de las empresas de transporte, distribución y comercialización. Está presidido por el Presidente de la Asociación y nombra a un vicepresidente por cada rama de actividad.
Está constituida por un grupo de miembros del Consejo Directivo, escogidos por votación dentro del mismo. Es el órgano dirigente de la Asociación en su actividad diaria.
El Código de Buen Gobierno de Sedigas recoge los principios éticos y pautas obligatorias de conducta que han de regir la actuación de todos los empleados y empleadas, los órganos de SEDIGAS y sus entidades gestionadas o empresas controladas, sin perjuicio de que en algunas parcelas específicas o ámbitos diferenciados, se realicen desarrollos puntuales complementarios en otros documentos, en su caso. Tiene, en consecuencia, el propósito de servir de guía a fin de que se observen estrictos estándares acordes con el ordenamiento jurídico vigente, ofreciendo pautas para el desempeño diario en sus relaciones con los demás empleados, con los Asociados y con los terceros, sean particulares o entidades públicas, españolas o extranjeras.
Este documento es independiente de los Códigos de Gobierno Corporativo y de los Códigos de Conducta, genéricos y/o sobre actividades reguladas, con que puedan contar los Asociados en sus respectivas actividades empresariales. Resulta compatible con los principios de buen gobierno de los Asociados. El Código fue aprobado en la Asamblea General de fecha 29 de mayo de 2013.